Mit Einführung der Reformation wurde DA 1526 „protestantisch-lutherisch“. 1695 erhielten die ersten Juden die Erlaubnis zur „stillen“ Ausübung ihrer Gottesdienste (Juden in DA; Synagogen). 1771 bekamen die Reformierten freie Religionsausübung zugestanden. Durften die Katholiken in den 1720er Jahren für kurze Zeit erste Privatgottesdienste abhalten, so erlangten sie 1790 durch den Freiheitsbrief von Landgraf Ludwig X. (Ludewig I.) das Recht, innerhalb der Residenz eigene Gottesdienste zu feiern. Die hessische Verfassung von 1820 konzedierte den anerkannten Konfessionen freie und öffentliche Religionsausübung. 1833 kam die Union von Lutheranern und Reformierten zustande. 1845 bildete sich die deutsch-katholische Gemeinde (Deutschkatholizismus), aus der sich zwei Richtungen freireligiöser Gemeinschaften herleiten: die „Freireligiöse Gemeinde Darmstadt. Gemeinschaft freigeistiger und humanistischer Weltanschauung“, die sich als eine weltanschauliche Gemeinschaft versteht (1969 „Haus Geistesfreiheit“ gebaut, Herdweg 31) und die 1948 begründete „Unitarische Freie Religionsgemeinschaft“, welche eher Freiheit in der Religion als Freiheit von der Religion vertritt (Zusammenkünfte im Forstmeisterhaus). 1874 bildete sich zunächst in Reichelsheim, später in DA die Selbstständige Ev.-Lutherische Kirche (Kleine Kirche am See). Durch den Kontakt mit Denominationen anderer Länder bzw. aufgrund von Begegnungen mit Erweckungsbewegungen entstanden weitere Freikirchen mit dem Status einer Körperschaft öffentlichen Rechts: die Ev.-Freikirchliche Gemeinde (Anfänge 1882), die Neuapostolische Kirche (gegr. 1905, Kirche 1958 erbaut, Büdinger Straße 15), die Ev. Gemeinschaft (1913) sowie die Methodistenkirche (1927, Christuskirche), die Siebenten-Tags-Adventisten (gegr. 1900, Schulzentrum Marienhöhe 1924; Medienzentrum „Stimme der Hoffnung“ 1948), die Christengemeinschaft (gegr. 1924; Kirche 1968, Gemeindehaus 1995 errichtet, Morgensternweg 1 bzw. 9), die Kirche Jesu Christi der Heiligen der Letzten Tage (Anfänge 1843; damit die wohl älteste deutsche Gemeinde; Kirche 1965 erbaut, Richard-Wagner-Weg 78) und die Freie ev. Gemeinde Darmstadt (gegr. 1987; Gemeindezentrum Marburger Straße 24). Durch Zuwanderung von Flüchtlingen und Arbeitsmigranten sind orthodoxe Gemeinden in DA entstanden: die Russisch-Orthodoxe Auslandskirche (nach 1918 in Russischer Kapelle), die Serbisch-Orthodoxe (zeitweise in Russischer Kapelle, zuletzt in St. Elisabeth) sowie die Griechisch-Orthodoxe Kirche (St. Petrus Canisius).

In den 1980/90er Jahren bildeten sich mehrere muslimische Gemeinschaften. Die größten von ihnen sind: DITIB – Türkischer Kulturverein e. V. (gegr. 1983; Vereinshaus Riedstraße 16), Assalam Moschee – Moschee des Friedens (gegr. 1987 von Sunniten aus Marokko, Sensfelder Weg 24), Türkisch-Islamischer Kultur- und Freizeitverein (gegr. 1998, ein der islamischen Gemeinschaft Milli Görüs nahe stehender Verein, Ehli-Beyt-Moschee, Bismarckstraße 78-82), Türkisch-Islamisches Zentrum (gegr. 1975, 1996/99 Errichtung der Emir-Sultan-Moschee, Mainzer Straße 164), Ahmadiyya Muslim Jamaat Gemeinde (2003/04 Errichtung der Nuur-du-din-Moschee, Haasstraße 1a) und Alevitisches Kultur-Zentrum (gegr. von türkischen und kurdischen Migranten, Donnersbergring 18). Wenn auch asiatische Religionen verstärktes Interesse gefunden hatten, gab es Anfang des Jahrhunderts nur kleine buddhistische Gruppierungen.

Lit.: Arbeitskreis Interreligiöses Gespräch Darmstadt (Hrsg.): Darmstadt Interreligiös, 2. Aufl. 2005.