Bereits 1906 wurde in einem Erlass Großherzog Ernst Ludwigs die Notwendigkeit gesehen, eine Behandlungsmöglichkeit für kranke und hilfsbedürftige Kinder zu schaffen. Fast 100 Jahre später werden die heutigen Darmstädter Kinderkliniken Prinzessin Margaret ein eigens für sie errichtetes Gebäude beziehen, die „Primaflora“ auf dem Gelände des Alice-Hospitals. Dazwischen liegt eine wechselvolle Geschichte. Von 1911 bis 1936 war das damalige Eleonorenheim im ehemaligen Mathilden-Landkrankenhaus (Küchler) in der Heinheimer Straße untergebracht. 1936 wurde das Krankenhaus mit dem Umzug in das alte Alice-Hospital in der Stiftstraße in den Verband des Deutschen Roten Kreuzes übernommen und somit Bestandteil der Stiftung Alice-Hospital.
Nach der totalen Zerstörung am 11.09.1944, der keine Menschenleben zum Opfer fielen, wurde das Kinderkrankenhaus wieder aufgebaut und 1956 erneut in Betrieb genommen. Die nächste große Veränderung stand 1997 an, als die Kinderklinik des Klinikums Darmstadt und die Eleonoren Kinderklinik der Stiftung Alice-Hospital zu den Darmstädter Kinderkliniken Prinzessin Margaret zusammengeschlossen wurden. Die Hauptabteilung der Kinderklinik befindet sich seitdem in der Dieburger Straße im ehemaligen Gebäude der Eleonoren-Kinderklinik. Im Gebäude der Frauenklinik (Meisterbauten) des Klinikums DA in der Grafenstraße betreiben die Darmstädter Kinderkliniken außerdem eine reine Früh- und Neugeborenen-Intensivstation. Zusammen mit der Frauenklinik bildet die Kinderklinik hier das Perinatologische Zentrum für den Raum Südhessen.